В 1884 году о. Иона был рукоположен в сан диакона, а через два года – в сан священника. Преосвященный епископ Никанор (Бровкович), рукополагавший святого, говорил окружающим: «Берите благословение у отца Ионы. Это будущий добрый пастырь и я чувствовал на нем особую благодать. Душа его горит священным пламенем…». Восьмилетнее пастырское служение отца Ионы в селе Кардашевка принесло плод: двести сектантов во главе со своим руководителем присоединились к Православной Церкви.

С 1897 г. начинается служение святого в Свято-Успенском храме г. Одессы. Ревностный пастырь и горячий молитвенник, чудный праведник быстро заслужил любовь и уважение прихожан. В 1901 г. святой был назначен настоятелем Свято-Никольского портового храма. Здесь он смог раскрыть всю полноту своей боголюбивой души. Уставное богослужение и молитва соединялись у праведника с щедрой благотворительной деятельностью. Со всех сторон спешили православные паломники в Одессу, чтобы испросить молитв и благословения отца Ионы, которого называли «Одесским Иоанном Кронштадтским». За свою подвижническую жизнь святой удостоился дара чудотворений. По его молитвам прозревали слепые, исцелялись безнадежно больные, в смятенных душах водворялись мир и спокойствие.

Беспокойный XXвек принес новые тяжелые испытания православным верующим. Установленная в огне смут и неурядиц богоборческая советская власть всячески поощряла всевозможные ереси и расколы. В эти трудные годы отец Иона, возвышая свой пастырский голос, призывал не поддаваться духу времени и, храня веру в Бога, оставаться верными чадами Православной Церкви. Много сил святой положил на преодоление возникавших в то время обновленческого и автокефального расколов.

Пламень богоборческого пожара не минул и праведника. Во время кампании по «изъятию церковных ценностей» отец Иона был арестован. Но народ Божий не дал надругаться над своим дорогим Батюшкой. Собрались огромные массы народа и власти были вынуждены освободить святого. Слишком велика была любовь простых людей к отцу Ионе и это удерживало власти от расправы над праведником.

До конца своей жизни отец Иона оставался настоятелем портовой Церкви, пока в 17(30) мая 1924 года Господь не призвал его к небесному упокоению. Несмотря на старания и запреты безбожников, погребение всеми любимого батюшки вылилось во всенародное Торжество Православия. Погребен был святой рядом с могилами своих родителей на православном кладбище, что на Слободке. Могила праведника пользовалась особым почитанием и возле нее не переставали совершаться чудеса. В 1996 году, 7 сентября, благодаря стараниям Высокопреосвященнейшего Владыки Агафангела, Митрополита Одесского и Измаильского, совершилось прославление праведного Ионы Одесского в лике святых и православная Одесса обрела еще одного предстателя у Небесного Престола Господа Славы. Его честные мощи почивают в нижнем храме Свято-Успенского Кафедрального собора города Одессы.